MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) plasmid pHD5AT

Total Repeats: 1073

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012752	TCGC	2	8	116	123	0 %	25 %	25 %	50 %	238899347
2	NC_012752	CTG	2	6	130	135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899347
3	NC_012752	CGT	2	6	169	174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899347
4	NC_012752	CG	3	6	329	334	0 %	0 %	50 %	50 %	238899347
5	NC_012752	GTT	2	6	444	449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899347
6	NC_012752	GTC	2	6	468	473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899347
7	NC_012752	CGT	2	6	568	573	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899347
8	NC_012752	AGC	2	6	584	589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238899347
9	NC_012752	GC	3	6	597	602	0 %	0 %	50 %	50 %	238899347
10	NC_012752	A	6	6	637	642	100 %	0 %	0 %	0 %	238899347
11	NC_012752	CTT	2	6	697	702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899347
12	NC_012752	A	6	6	704	709	100 %	0 %	0 %	0 %	238899347
13	NC_012752	ATC	2	6	2351	2356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899348
14	NC_012752	ATT	2	6	2421	2426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238899348
15	NC_012752	T	6	6	2494	2499	0 %	100 %	0 %	0 %	238899348
16	NC_012752	AGAGG	2	10	2517	2526	40 %	0 %	60 %	0 %	238899348
17	NC_012752	GAAAA	2	10	2576	2585	80 %	0 %	20 %	0 %	238899348
18	NC_012752	TTG	2	6	2603	2608	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899348
19	NC_012752	CTT	2	6	2619	2624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899348
20	NC_012752	TGA	2	6	2625	2630	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899348
21	NC_012752	T	6	6	2774	2779	0 %	100 %	0 %	0 %	238899348
22	NC_012752	AAG	2	6	2804	2809	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238899348
23	NC_012752	TGA	2	6	2865	2870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899348
24	NC_012752	A	6	6	2870	2875	100 %	0 %	0 %	0 %	238899348
25	NC_012752	TCA	2	6	2883	2888	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899348
26	NC_012752	AT	3	6	2907	2912	50 %	50 %	0 %	0 %	238899348
27	NC_012752	ATTG	2	8	2974	2981	25 %	50 %	25 %	0 %	238899348
28	NC_012752	ACA	2	6	3320	3325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238899349
29	NC_012752	GA	3	6	3358	3363	50 %	0 %	50 %	0 %	238899349
30	NC_012752	CAT	2	6	3590	3595	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899349
31	NC_012752	T	6	6	3677	3682	0 %	100 %	0 %	0 %	238899349
32	NC_012752	ATA	2	6	3709	3714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238899349
33	NC_012752	TGT	2	6	3721	3726	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899349
34	NC_012752	AAT	2	6	3781	3786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238899349
35	NC_012752	T	7	7	3812	3818	0 %	100 %	0 %	0 %	238899349
36	NC_012752	TCA	2	6	3873	3878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899349
37	NC_012752	GTTT	2	8	3879	3886	0 %	75 %	25 %	0 %	238899349
38	NC_012752	ATA	2	6	3891	3896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238899349
39	NC_012752	CTTT	2	8	3957	3964	0 %	75 %	0 %	25 %	238899349
40	NC_012752	AAC	2	6	3965	3970	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238899349
41	NC_012752	CAG	2	6	3991	3996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238899349
42	NC_012752	AGA	2	6	4004	4009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238899349
43	NC_012752	ATAA	2	8	4049	4056	75 %	25 %	0 %	0 %	238899349
44	NC_012752	TGA	2	6	4077	4082	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899349
45	NC_012752	CTT	2	6	4090	4095	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899349
46	NC_012752	TGG	2	6	4099	4104	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238899349
47	NC_012752	TAAA	2	8	4142	4149	75 %	25 %	0 %	0 %	238899349
48	NC_012752	AAT	2	6	4229	4234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238899349
49	NC_012752	TAA	2	6	4243	4248	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238899349
50	NC_012752	A	7	7	4247	4253	100 %	0 %	0 %	0 %	238899349
51	NC_012752	GAA	2	6	4372	4377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238899349
52	NC_012752	TAA	2	6	4424	4429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238899349
53	NC_012752	GA	3	6	4468	4473	50 %	0 %	50 %	0 %	238899349
54	NC_012752	ACC	2	6	4488	4493	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238899349
55	NC_012752	TCA	2	6	4494	4499	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899349
56	NC_012752	AT	3	6	4500	4505	50 %	50 %	0 %	0 %	238899349
57	NC_012752	TTC	2	6	4537	4542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899349
58	NC_012752	TAT	2	6	4552	4557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238899349
59	NC_012752	AAAT	2	8	4559	4566	75 %	25 %	0 %	0 %	238899349
60	NC_012752	TCT	2	6	4656	4661	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899349
61	NC_012752	GTGCCA	2	12	4792	4803	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	238899349
62	NC_012752	TCT	2	6	4812	4817	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899349
63	NC_012752	GATCTG	2	12	4844	4855	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238899349
64	NC_012752	TCC	2	6	4862	4867	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238899349
65	NC_012752	GAC	2	6	4931	4936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238899349
66	NC_012752	CT	3	6	4947	4952	0 %	50 %	0 %	50 %	238899349
67	NC_012752	ACT	2	6	4953	4958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899349
68	NC_012752	AATACC	2	12	5258	5269	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	238899350
69	NC_012752	A	6	6	5299	5304	100 %	0 %	0 %	0 %	238899350
70	NC_012752	TGA	2	6	5315	5320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899350
71	NC_012752	AGG	2	6	5540	5545	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	238899350
72	NC_012752	T	7	7	5588	5594	0 %	100 %	0 %	0 %	238899350
73	NC_012752	TCA	2	6	5609	5614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899350
74	NC_012752	GTC	2	6	5658	5663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899350
75	NC_012752	TGT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899350
76	NC_012752	GGC	2	6	5790	5795	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	238899350
77	NC_012752	ACA	2	6	5837	5842	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	238899350
78	NC_012752	CCA	2	6	5867	5872	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238899350
79	NC_012752	GCT	2	6	5943	5948	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899350
80	NC_012752	CCG	2	6	6004	6009	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238899350
81	NC_012752	A	7	7	6017	6023	100 %	0 %	0 %	0 %	238899350
82	NC_012752	GTC	2	6	6025	6030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899350
83	NC_012752	TTC	2	6	6033	6038	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899350
84	NC_012752	TTC	2	6	6078	6083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899350
85	NC_012752	AGC	2	6	6084	6089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238899350
86	NC_012752	TGG	2	6	6100	6105	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238899350
87	NC_012752	ACCCAT	2	12	6146	6157	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	238899350
88	NC_012752	CTT	2	6	6193	6198	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899350
89	NC_012752	T	7	7	6222	6228	0 %	100 %	0 %	0 %	238899350
90	NC_012752	GTG	3	9	6315	6323	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238899350
91	NC_012752	A	6	6	6325	6330	100 %	0 %	0 %	0 %	238899350
92	NC_012752	TGA	3	9	6341	6349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899350
93	NC_012752	TAAT	2	8	6726	6733	50 %	50 %	0 %	0 %	238899351
94	NC_012752	TGA	2	6	6941	6946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899351
95	NC_012752	A	6	6	7158	7163	100 %	0 %	0 %	0 %	238899351
96	NC_012752	CGC	2	6	7197	7202	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238899351
97	NC_012752	GTT	2	6	7203	7208	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899351
98	NC_012752	A	6	6	7218	7223	100 %	0 %	0 %	0 %	238899351
99	NC_012752	AG	3	6	7279	7284	50 %	0 %	50 %	0 %	238899351
100	NC_012752	TATC	2	8	7922	7929	25 %	50 %	0 %	25 %	238899352
101	NC_012752	A	6	6	7935	7940	100 %	0 %	0 %	0 %	238899352
102	NC_012752	C	6	6	7944	7949	0 %	0 %	0 %	100 %	238899352
103	NC_012752	A	6	6	7959	7964	100 %	0 %	0 %	0 %	238899352
104	NC_012752	TGT	2	6	8022	8027	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	238899352
105	NC_012752	A	6	6	8034	8039	100 %	0 %	0 %	0 %	238899352
106	NC_012752	T	6	6	8132	8137	0 %	100 %	0 %	0 %	238899352
107	NC_012752	CGC	2	6	8171	8176	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	238899352
108	NC_012752	TGA	2	6	8219	8224	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	238899352
109	NC_012752	ATAA	2	8	8278	8285	75 %	25 %	0 %	0 %	238899352
110	NC_012752	GGT	2	6	10632	10637	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	238899353
111	NC_012752	ACT	3	9	10647	10655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899353
112	NC_012752	GCT	2	6	10740	10745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899353
113	NC_012752	GTC	2	6	10774	10779	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899353
114	NC_012752	ACT	2	6	10794	10799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899353
115	NC_012752	TACA	2	8	10855	10862	50 %	25 %	0 %	25 %	238899353
116	NC_012752	GGGA	2	8	10878	10885	25 %	0 %	75 %	0 %	238899353
117	NC_012752	TGC	2	6	10958	10963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	238899353
118	NC_012752	TTA	2	6	10977	10982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238899353
119	NC_012752	AAT	2	6	11097	11102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	238899353
120	NC_012752	AGA	2	6	11174	11179	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238899353
121	NC_012752	TAT	2	6	11236	11241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238899353
122	NC_012752	A	9	9	11243	11251	100 %	0 %	0 %	0 %	238899353
123	NC_012752	CTT	2	6	11253	11258	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899354
124	NC_012752	GCGGTG	2	12	11274	11285	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	238899354
125	NC_012752	A	6	6	11298	11303	100 %	0 %	0 %	0 %	238899354
126	NC_012752	AGAA	2	8	11326	11333	75 %	0 %	25 %	0 %	238899354
127	NC_012752	A	8	8	11367	11374	100 %	0 %	0 %	0 %	238899354
128	NC_012752	GAAA	2	8	11404	11411	75 %	0 %	25 %	0 %	238899354
129	NC_012752	ATT	2	6	11435	11440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238899354
130	NC_012752	ATT	3	9	12678	12686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	238899355
131	NC_012752	AGA	2	6	12705	12710	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238899355
132	NC_012752	A	8	8	12710	12717	100 %	0 %	0 %	0 %	238899355
133	NC_012752	AGC	2	6	12854	12859	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238899355
134	NC_012752	AT	3	6	12902	12907	50 %	50 %	0 %	0 %	238899355
135	NC_012752	A	6	6	12918	12923	100 %	0 %	0 %	0 %	238899355
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267	NC_012752	GAA	2	6	19645	19650	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238899359
268	NC_012752	A	6	6	19649	19654	100 %	0 %	0 %	0 %	238899359
269	NC_012752	GAAG	2	8	19671	19678	50 %	0 %	50 %	0 %	238899359
270	NC_012752	AT	4	8	19737	19744	50 %	50 %	0 %	0 %	238899359
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279	NC_012752	A	6	6	20115	20120	100 %	0 %	0 %	0 %	238899359
280	NC_012752	AGGC	2	8	20164	20171	25 %	0 %	50 %	25 %	238899359
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282	NC_012752	CT	3	6	20237	20242	0 %	50 %	0 %	50 %	238899359
283	NC_012752	TCA	2	6	20280	20285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	238899359
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380	NC_012752	AT	3	6	25093	25098	50 %	50 %	0 %	0 %	238899364
381	NC_012752	GAA	2	6	25136	25141	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	238899364
382	NC_012752	AT	3	6	25156	25161	50 %	50 %	0 %	0 %	238899364
383	NC_012752	AGAA	2	8	25172	25179	75 %	0 %	25 %	0 %	238899364
384	NC_012752	T	6	6	25202	25207	0 %	100 %	0 %	0 %	238899364
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392	NC_012752	CCA	2	6	25622	25627	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	238899365
393	NC_012752	CCT	2	6	25735	25740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	238899365
394	NC_012752	AGC	2	6	25749	25754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	238899365
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396	NC_012752	TAAA	2	8	25822	25829	75 %	25 %	0 %	0 %	238899365
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